تظم جامعة سعيدة الدكتور مولاي الطاهر أربعة (04) نيابات المديرية:

• نيابة مديرية الجامعة المكلفة بالتكوين العالي في الطورين الأول والثاني والتكوين المتواصل والشهادات وكذا التكوين العالي في التدرج
• نيابة مديرية الجامعة المكلفة بالتكوين العالي في الطور الثالث و التاهيل الجامعي و البحث العلمي و كذا التكوين العالي في ما بعد التدرج
• نيابة مديرية الجامعة المكلفة بالتنمية و الاستشراف و التوجيه
• نيابة مديرية الجامعة المكلفة بالعلاقات الخارجية، والتعاون والتنشيط، والاتصال والتظاهرات العلمية